La chirurgia può essere indicata per il trattamento della Colite acuta di grado severo o non responsiva alla terapia medica.
Il trattamento chirurgico prevede generalmente l’asportazione del colon e del retto (proctocolectomia totale). In alcuni casi non è possibile realizzare questa tecnica ricostruttiva e quindi i chirurghi asportano il colon ed il retto e creano un'apertura permanente nell'addome (stoma ileale) attraverso la quale le feci vengono espulse.
E' possibile associare alla proctocolectomia totale una procedura ricostruttiva chiamata ileo-ano anastomosi con pouch ileale che consente al paziente di non avere una stomia definitiva (apertura permanente nell'addome attraverso la quale le feci vengono espulse nel dispositivo di raccolta). Dopo questo intervento viene spesso confezionata una stomia temporanea che dopo pochi mesi viene rimossa.
Il chirurgo costruisce una nuova “ampolla” rettale a livello dell’ultimo tratto del piccolo intestino che viene collegata a livello anale, rispristinando quindi la continuità intestinale, consentendo l'evacuazione per via naturale.
Anche nella Colite Ulcerosa i progressi della chirurgia oggi consentono di poter impiegare le tecniche mininvasive (laparoscopia, robotica) e di adottare più efficacemente dei percorsi di ripresa durante la fase postoperatoria che migliorino ed accelerino il recupero funzionale ed il controllo ottimale del dolore postoperatorio.
Il trattamento chirurgico nel caso della Colite Ulcerosa può essere considerato virtualmente definitivo, poiché elimina la sede bersaglio della malattia, nonché il rischio di degenerazione neoplastica che comporterebbe la stessa a lungo termine.